Саодат Исмаилова родилась в 1981 году в Ташкенте. Окончила факультет кинорежиссуры и телевидения Государственного института искусств в Ташкенте. В 1999 году за свой первый короткометражный фильм получила Гран-при Ташкентского студенческого кинофестиваля. В 2002 году Исмаилову пригласили учиться в Fabrica – центр исследования искусства в Тревизо. В 2004 году вышел ее документальный фильм «Арал. Рыбалка в невидимом море» получил приз за лучший фильм на Туринском кинофестивале. С 2004 по 2010 год Саодат Исмаилова создала 10 документальных фильмов о музыке Центральной Азии, выпущенных Смитсоновским институтом США.
В 2010 году Исмаилова изучала сценаристское и режиссерское искусство в Институте Сандэнс Роберта Редфорда, США. Ее полнометражный фильм «40 дней молчания» в 2014 году был номинирован как лучший дебютный фильм на Международном кинофестивале в Берлине и получил награды на других международных фестивалях. В 2013 году Исмаилова представила свою первую видео-инсталляцию «Зухра» на Венецианской биеннале в Павильоне «Центральной Азии».
С 2015 по 2017 год Саодат Исмаилова училась в Государственном центре современного искусства Le Fresnoy в Париже. В 2017 году ее персональная выставка «Заколдованный», посвященная туранскому тигру, прошла в Центре современного искусства Тромсо, Норвегия. В 2018 году Саодат реализовала междисциплинарный проект «Qyrq Qyz», премьера которого состоялась в Бруклинской музыкальной академии (BAM Brooklyn Academy of Music) США и в музее на набережной Бранли в Париже.
В 2022 году Исмаилова приняла участие в главном выставочном проекте 59-ой Венецианской биеннале "Молоко снов" и в 15-ой международной выставке современного искуства документа. Ее работы находятся в коллекциях музея Стеделейк в Амстердаме и в Центре Жоржа Помпиду в Париже.